Члены террористической структуры FETÖ/PYD, находящиеся в здании Генштаба, начали переговоры с тем, чтобы сдаться. После того как их требования были отвергнуты, они начали сдаваться. В рамках подготовки к операции была эвакуирована периферия Генштаба, после чего туда были направлены войска специальных операций и силовики. В результате операции, проведенной после выше упомянутой подготовки, путчисты были взяты под стражу.
В те же минуты глава управления безопасности Стамбула Мустафа Чалышкан со словами: «Зачинщики там», и приказал начать операцию в казармах Топкуле. Ворота бараков были перекрыты строительными машинами. Столкновения между путчистами и полицией продлились 5 часов. В общей сложности 250 солдат сдались к 11.30. Солдаты, с которых была снята верхняя часть униформы, в наручниках за спиной были взяты под стражу.
Исполняющий обязанности главы Генерального штаба генерала Умит Дюндар объявил, что весь командный состав с первых минут путча был против государственного переворота. По словам Дюндара, в общей сложности было арестовано 1563 человека, 104 – было убито. Общее количество жертв составляет 90 человек, из которых 7 гражданских лиц, 41 полицейский и 2 солдата; 1154 человека ранено. Дюндар так же добавил: «Мы полны решимости очистить Вооруженные силы от членов параллельной структуры ».