Haydarpaşa-Gebze arasında bulunan, 29 Mayıs 1969 yılından bu yana hizmet veren banliyö tren hattının Pendik-Gebze bölümü 29 Nisan 2012 de, Kazlıçeşme-Halkalı bölümü 1 Mart 2013'de, Haydarpaşa-Pendik arasındaki bölüm 19 Haziran 2013'te yapılan son seferlerin ardından kapatılmıştı. Ankara-İstanbul Yüksek Hızlı Tren projesi ve Marmaray'la entegre olarak çalışması planlanan hattaki yenilenme çalışmaları nedeniyle, raylar sökülmüş, pek çoğu tarihi eser statüsünde bulunan istasyonların da yenilenmesine karar verilmişti.
Yapım süresi 24 ay olarak planlanan yenileme çalışmalarının 2015 yılı Haziran ayında sonuçlandırılması hedeflenmişti. Ancak aradan geçen süre içinde yapımı üstlenen firma, maliyetlerdeki aşırı artışı gerekçe göstererek 2014 yılının Ekim ayında çalışmaları durdurmuştu. Sorunların çözülmesinin ardından çalışmalar 2015 yılı içinde tekrar başlamıştı.
70 aylık çalışmanın ardından tamamlanan Halkalı-Gebze hattı 10 Mart 2019 tarihinde açılacak. Hatta banliyö trenlerinin kullanacağı iki hattın yanında hızlı tren seferlerinin yapılacağı bir hat daha bulunuyor. Hat boyunca ray döşeme elektrik hattı ve sinyalizasyon sistemi çalışmaları tamamlandı. Yeni yapılan ve restorasyondan geçirilen istasyonlar tamamlandı. Sistem artık kullanıma açılacağı günü bekliyor.
Tren hatlarının tamamlanması ve Marmaray projesi ile entegrasyonu sağlandığında 43 istasyonun bulunacağı Gebze’den Halkalı’ya 105 dakikada seyahat edilebilecek. Hatta Bakırköy’den Bostancı’ya 37 dakika, Söğütlüçeşme-Yenikapı'nın seyahat süresi ise 12 dakika olacak. Hatta günde 1 milyon yolcunun taşınması planlanıyor.
Halkalı istasyonunda M1B Yenikapı-Halkalı metro hattı ile,
Ataköy istasyonunda M9 İkitelli-Ataköy metro hattı ile,
Bakırköy istasyonunda M3 Bakırköy-Başakşehir metro hattı ile,
Yenikapı istasyonunda M1A Yenikapı-Atatürk Havalimanı,
M1B Yenikapı-Kirazlı ve M2 Yenikapı-Hacıosman metro hatları ile,
Sirkeci istasyonunda T1 Kabataş-Bağcılar tramvay hattı ve denizyolları ile,
Ayrılık Çeşmesi istasyonunda M4 Kadıköy-Tuzla metro hattı ile,
Üsküdar istasyonunda M5 Üsküdar-Çekmeköy metro hattı ile,
Göztepe istasyonunda M12 Göztepe-Ümraniye metro hattı ile,
Bostancı istasyonunda M8 Bostancı-Dudullu metro hattı ile,
Pendik istasyonunda M10 Pendik-Sabiha Gökçen Havalimanı metro hattı ile,
İçmeler istasyonunda M4 Kadıköy-Tuzla metro hattı
Gebze – Halkalı hattında toplam 41 istasyon bulunuyor. İşte hattın güzergahı; Halkalı, Mustafa kemal, Küçükçekmece, Florya, Yeşilköy, Yeşilyurt, Ataköy,Bakırköy, Yenimahalle, Zeytinburnu, Kazlıçeşme, Yenikapı, Sirkeci, Üsküdar, İbrahimağa, Söğütlüçeşme, Feneryolu,Göztepe, Erenköy, Suadiye, Bostancı, Küçükyalı, İdealtepe, Süreyya Plajı, Maltepe, Cevizli, Atalar, Başak, Kartal, Yunus, Pendik, Kaynarca, Tersane, Güzelyalı, Aydıntepe, İçmeler, Tuzla, Çayırova, Fatih, Osmangazi, Gebze