Cumhuriyet Savcısı Murat Özcan'ın hazırladığı iddianamede, Kılınç'ın 24 Ağustos 2016'da meslekten çıkarıldığı, bu kararın 29 Kasım 2016'da kesinleştiği belirtildi.
Ankara Valiliği 112 Acil Çağrı Merkezi Müdürlüğüne 23 Ağustos 2016'da bulunulan ihbarda Keçiören Çambaşı Caddesi'ndeki bir adreste oturanların, 15 Temmuz'dan sonra eve bayrak astıkları belirtilerek, "Dün, içlerinden birisi valizlerle gitti, taşındı. Diğerleri de taşınacaklarmış. Şahısların avukat ve FETÖ'cü olduklarını duyduk. İsimlerini bilmiyorum. Ev sahibine ulaşırsanız isimlerini öğrenirsiniz" denildiği aktarılan iddianamede, hakim kararıyla polisin evde arama yaptığı, delil topladığı ve incelemede limonata şişesinin üzerinde Kılınç'ın parmak izine rastlandığı kaydedildi.
İddianamede, Kılınç'ın, eşine ait GSM hattı üzerinden ByLock kullandığı bildirilirken, Kılınç'a ilişkin Ankara Emniyet Müdürlüğünce düzenlenen rapora da yer verildi.
Buna göre raporda, "Kozmik Oda" soruşturmasını yürüten ve FETÖ'den yargılanan eski savcı Mustafa Bilgili ile eski hakim Halil İbrahim Kütük'ün aynı evde kaldıklarının belirlendiği vurgulandı.
Kılınç'ın kullanıldığı değerlendirilen 515127 ID no'lu ByLock hesabının kullanıcı adının "ebuakil", şifresinin "werty12345" olduğu bildirilen raporda, şifrenin Bilgili ve Kütük'ün ByLock şifreleriyle aynı olduğu vurgulandı.
Kılınç'ın ByLock hesabı ile FETÖ'nün yargı yapılanmasından sorumlu "sivil imam" olarak nitelenen Levent Özgüzel'e ait ByLock hesabı arasındaki yazışmaların incelendiği bildirilen raporda, yazışmaların genel itibarıyla İzmir'de açılan "Askeri Casusluk" davasıyla ilgili olduğu ifade edildi.
Özgüzel'in ByLock mesajlarında, onun koordinesinde Bilgili, Kılınç ve Kütük'ün aynı yerde kaldığının zikredildiği aktarılan raporda, "Tespiti yapılan gaybubet evinde Kılınç'ın parmak izinin tespit edilmesi, 515127 ID no'lu ByLock hesabı kullanıcısının Bilgili ve Kütük ile aynı yerde olduğunun mesaj içeriğinden anlaşılması, bu hesaptan Özgüzel ile yapılan yazışmalardan, kamuoyunda İzmir Askeri Casusluk davası olarak bilinen davaya ilişkin hususların konuşulduğunun tespiti nazara alındığında, 515127 ID no'lu ByLock hesabının şüpheli Zafer Kılınç tarafından kullanıldığı kanaatine varılmıştır." bilgisine yer verildi.
Gaziantep'te FETÖ'den yargılanan eski başsavcı Durdu Kavak'ın, Kılınç'ı yargıdaki FETÖ mensupları arasında saydığına vurgu yapılan iddianamede, Kavak'ın, eski İzmir Başsavcıvekili Kadir Gülcü'nün, Askeri Casusluk soruşturmasını Kılınç ile hareket ederek İbrahim Okur'dan aldıkları talimatla yürüttüklerini söylediği ve "Bu soruşturmanın hükümeti sıkıştırmak için yürütüldüğü kanaatindeyim ve yine FETÖ'nün kontrolünde yapıldığını düşünüyorum" dediği belirtildi.
Eski HSYK 1. Daire Başkanı İbrahim Okur'un da ifadelerinde Eskişehir'de görev yaptığı dönemde İlhan adlı bir savcının evinde toplandıklarını, toplantıdakiler arasında Kılınç'ın da olduğunu, seçim günü kimin hangi görevi yapacağının kararlaştırıldığını anlattığına yer verilen iddianamede, deliller bütün olarak değerlendirildiğinde, "Kılınç'ın örgütün talimatıyla iş ve işlemler tesis ettiği, FETÖ'nün ideolojisini, amaçlarını, faaliyetlerini benimsediği, kendi iradesini örgütün iradesine terk ettiği, örgüt hiyerarşisi içinde hareket ettiği, örgütün haberleşme programı ByLock'u kullanarak örgütle organik bağ kurduğu ve örgütün yargı yapılanması içinde yer aldığına ilişkin yeterli derecede şüphe bulunduğu" bildirildi.
İddianamede kolluk, savcılık ve hakimlik ifadelerinde Kılınç'ın susma hakkını kullandığı aktarıldı.
İddianamenin kabulü durumunda Kılınç, "silahlı terör örgütü üyesi olmak" suçundan 7 yıl 6 aydan 15 yıla kadar hapis istemiyle yargılanacak.
Hudut birliklerinin, 16 Nisan 2018'de İpsala yakınlarındaki askeri yasak bölgede yaptıkları denetim sırasında, Yunanistan'a kaçmaya çalışırken, İzmir'deki "askeri casusluk" davasının meslekten ihraç edilen savcısı Zafer Kılınç'ın yakalandığı, yanında eşi ve 2 çocuğunun da olduğu açıklanmıştı.